いつもはまるまる講義に充てている数学カフェ。

今回は少し趣向を変えて、ディスカッションの時間を取ることにしました。共同研究が生まれることが目標です。

数理生物の研究についてお話をしたあと、 その後の展望について 数学、生物、その他様々なバックグラウンドを持つ方々と ゆっくりお話ができたらと思います。

ぜひお気軽にご参加くださいませ。

※タイムテーブル等、決定・変更次第アップデート致します。

概要

1: 発表者 twitterID @nkjmu

タイトル：遺伝子の変異と微生物
アブスト：第2回全体のテーマである遺伝子やタンパク質の変異を理解するための基礎知識として、そもそも遺伝子やタンパク質とは何か、「変異」とは何をいみしているのかという部分から話を始めたいと思っています。個別のテーマとしては、数式割合は低めですが、「こういうトピックなら遺伝子の変異のモデルにいかせるのでは？」という特徴的な事例紹介として、専門である微生物学に絡めつつ紹介したいと思います。

2: 発表者 twitterID @ta_to_co

タイトル:Crystal Basis Model
アブスト:Crystal Basis Modelはコドンやアンチコドンの性質,関係等が数学でよく使う"群"の"表現"によってモデル化できるという数理モデルです．今回はその概要を紹介し，生物学での数学の使い方を一緒に議論したいと思っています．また，Crystal Basis Modelは実際には"量子群"で定式化されるので，可能であれば"量子群"を紹介します．

3: 発表者 s.t.@simizut22

タイトル：Persistent Homology/module の数学的基礎
アブスト： @haru_math さんの発表にも出てくる Persistent Homology の数学的基礎について解説する．
Persistent Homology はもともとは H.Edelsbrunner によって，3 次元画像の解析に用いるために開発された道具であるが，近年は TDA(Topological Data Analysis)の文脈で様々な方面での応用がなされている． 例えば、bioinfomatics, 遺伝子情報の解析, 高分子構造の解析, 神経科学, 多様体学習など (etcetc)．
応用だけでなくそれ自身も数学的に興味深い対象であり，高次元化(multi-dimensional), 圏化(categorification), quiver の表現として，A_∞ coalgebra としての構造などといった一般化/考察がなされている．
この発表では，@haru_math さんの発表で必要な分を説明することを目的とするが，もしも時間に余裕があれば s.t. が面白いと思う内容の話もしようと思う．

4: 発表者　根上　春　twitterID @haru_math

タイトル:ウィルスの進化のトポロジー
アブスト：生命の進化は、これまで、系統樹のように、時間に沿って枝分かれするものと捉えられてきた。しかし近年では、枝分かれだけでなく、分岐した枝の間に橋がかかるように、遺伝子情報が水平伝搬されることが知られている。コロンビア大学のRahul Rabadanらは、このような複雑な遺伝子の進化の様子を、パーシステントホモロジーを用いて解析した。本講演では、2013年にPNASに発表された論文、Topology of viral evolution について紹介する。

参考：https://systemsbiology.columbia.edu/news/a-topological-approach-to-modeling-evolution
紹介する文献：http://www.pnas.org/content/110/46/18566.full.pdf

講師紹介

1: nkjmu 自己紹介

前回に引き続き、生物の実験屋さんの立場からお話しさせていただきます。普段は微生物の遺伝子解析や新種探索などをしている博士課程の学生で、私の研究テーマにとっても「遺伝子の変異、差異」というものはつきものです。生物、微生物に馴染みのない方々にも、そも面白さを伝えたいという活動もしていますので、前回聞いていただいた方も、そうでない方も楽しみながら学べるよう頑張ります。

2: ta_to_co 自己紹介

前回は聞き専だった@ta_to_coです．普段は数学クラスタの一人ですが，数学的な手法を応用することで，生物に新しい知見を得られそうだとわかりいてもたってもいられなりました．生物がp進で解析できる日を夢見ています．よろしくお願いします．

3: simizut22 自己紹介

某企業の数理計画部員です。生物まったくわかりませんが、代数トポロジー/低次元トポロジーの道具の応用例として論文読んだりしてます。世界に代数トポロジーの光をぉぉぉぉぉ！！

4: 根上春 自己紹介

博士課程で生命現象の数理モデルについて研究しています。特にtopologyの生命現象への応用に興味があります。よろしくお願いいたします。

皆様とお会い出来るのを楽しみにしております！