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2016/04/27(水) 19:00 開催
東京都 渋谷

第2回 ライフ&インフォ女子の会 

基本情報

日 時: 2016/04/27(水) 19:00 〜 21:00
会 場: Creative Lounge Mov(渋谷ヒカリエ8F)
住 所: 東京都渋谷区渋谷2-21-1

イベント内容

ライフ&インフォ女子の会

ライフ&インフォ女子の会は、ライフサイエンスに携わる女子のライフスタイル、インフォマティクスを支援するコミュニティです。スキルアップと情報交換、ソリューションの構築などを目指しています。第一回女子会では、プチ勉強会とお食事会を開催します。参加者は研究や仕事でバイオインフォをやっている、またはやってみたいなと思っている女子を対象としています。コミュニティと言っても発足したばかりです。お気軽にご参加ください!

ライフ&インフォ女子の会 代表
(キアゲン宮本&イルミナ長井&サイキンソー竹田)

どんなことやっているの?

  • バリバリのバイオインフォマティシャンに最先端のお話をしてもらう
  • RとかPerlとかphythonだとか…
  • バイオインフォで用いられるプログラム言語を実際に触ってみる
  • 課題を解いてみる
  • わからないことを相談してみる
  • わいわいしゃべりまくる
  • 美味しいごはんとお酒で盛り上がる
  • ワークライフバランスについてアイデアを出し合ってみる
  • キャリアを相談してみる

第2回ライフ&インフォ女子の会 授業スタート !!!

講習会資料

ggplot2基礎編:ggplot2の簡単な操作と扱い方について
https://github.com/marimiya/ggplot2_basics_LIW2_20160427/

ggplot2応用編: 論文で使える作図の仕方 ~実例を参考に~
https://github.com/jqsunac/bioinformatics/blob/master/documents/rnaseq.Rmd

さらに複雑なグラフの作図、解析結果の共有、記録
https://github.com/kokitsuyuzaki/LaIW20160427

RとRStudioのインストール

Rは3.2.4を想定しています。sessionInfo()にてインストールされている
バージョンが確認できます。

またRStudioも最新版の0.99.896を想定しています。RStudioのHelp > About RStudioより
ご確認ください。

パッケージのインストール

  • 基礎編
    isnstall.package(“ggplot2”)
    install.packages(“ggthemes”)
  • 孫さん講義分
    install.packages(“RColorBrewer”)
    install.packages(“reshape2”)
    install.packages(“edgeR”)
    install.packages(“clusterProfiler”)
    install.packages(“org.Hs.eg.d”)
  • 露崎さん講義分
    install.packages(“reshape”)
    install.packages(“GGally”)
    install.packages(“pairsD3”)
    install.packages(“scatterplot3d”)
    install.packages(“animation”)
    install.packages(“rgl”)
    install.packages(“plotly”)
  • 注意
    edgeR, clusterProfiler, org.Hs.eg.dbあたりは、install.packageだとnot availableになったのでbiocLiteでインストールしてください

「ggplot2基礎編:ggplot2の簡単な操作と扱い方について」 by 宮本さん

  • Rのチートシート
    https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/data-wrangling-cheatsheet.pdf

「ggplot2応用編: 論文で使える作図の仕方 ~実例を参考に~」 by 孫さん

  • 孫さんの資料になります
    http://goo.gl/2S7rdD
  • もしedgeRが動かない場合は下記のコードを書いてください
    source(url(‘http://biopapyrus.net/nedia/html/20160427.RData’))

露崎さんの授業スタート

  • GitHubのURL
    https://goo.gl/hzV1Pt

第2回ライフ&インフォ女子の会 開催決定!!

今度はRのggplot2を使ったビジュアライゼーション、そしてその後のデータ共有と記録までをハンズオン交えて学習します。みんなで晩ごはんを食べながら、2名のスペシャルコーチによるレクチャーでビジュアライゼーションをマスターしましょう。
ggplot2のビジュアル例

タイムテーブル

2016年4月27日開催予定!
限られた時間を有効的に活用するため、ノート型パソコンにRとggplot2をインストールし、「次世代シークエンサーDRY解析教本(以下参照)」 (細胞工学別冊)レベル1「Rの使い方」を演習②まで実行してきてくださいね。分からない、エラーになったなどがあった場合は、Life and Info のツイッターアカウントまでお知らせください。出来るかぎりサポートします。どうしても本を買えない、持ってる人が身近に居ない、という場合はご連絡ください。

「次世代シークエンサーDRY解析教本」

時間 発表者 タイトル
19:00 – 19:30 宮本 ggplot2基礎編:ggplot2の簡単な操作と扱い方について
19:30 – 20:15 スペシャルコーチ 孫さん ggplot2応用編: 論文で使える作図の仕方 ~実例を参考に~
20:15 – 21:00 スペシャルコーチ 露崎さん さらに複雑なグラフの作図、解析結果の共有、記録

場所

Creative Lounge Mov(渋谷)
住所: 東京都渋谷区渋谷2-21-1 渋谷ヒカリエ8階 8/(ハチ)

講演概要

孫 建強さんについて

  • 東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 生物情報工学研究室 学振特別研究員
  • 次世代シーケンサのデータ解析をわかりやすく紹介したブログ「biopapyrus」の著者
  • RNA-seqの解析に利用するRのTCCパッケージを開発。
  • biopapyrus

露崎 弘毅さんについて

  • 理化学研究所バイオインフォマティクス研究開発ユニット 特別研究員。
  • 次世代シーケンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊)へRの使い方やggplot2を使った作図について執筆を担当。
  • MeSH ORA FrameworkやmetaSeqといったRのパッケージを数々開発。
  • 詳細プロフィール
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